Η Βιολογική Εταιρεία Κύπρου (ΒΕΚ), έχει καθιερώσει το Βραβείο ΒΕΚ Προπτυχιακών Φοιτητών Βιολογίας «Χρήστος Γεωργιάδης». Το Βραβείο απονέμεται ετήσια σε Κύπριους φοιτητές Βιολογίας που σπουδάζουν στα Τμήματα Βιολογίας της Κύπρου, της Ελλάδας και του εξωτερικού. Το Βραβείο ΒΕΚ Προπτυχιακών Φοιτητών Βιολογίας «Χρήστος Γεωργιάδης» απονέμεται κάθε χρόνο στον Κύπριο Προπτυχιακό Φοιτητή Βιολογίας με την καλύτερη Διπλωματική/Πτυχιακή Εργασία.
Η Επιτροπή Αξιολόγησης της ΒΕΚ αποφάσισε ομόφωνα ότι για τη χρονιά 2023 (διπλωματικές εργασίες που ολοκληρώθηκαν το 2022) το Βραβείο ΒΕΚ Προπτυχιακών Φοιτητών Βιολογίας «Χρήστος Γεωργιάδης» απονέμεται στη Βιολόγο ΔΕΣΠΟΙΝΑ ΧΑΤΖΗΧΑΜΠΗ του Τμήματος Βιολογίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών για τη Διπλωματική της Εργασία με τίτλο «Ταυτοποίηση νέων κυκλικών μορίων RNA (circRNAs) του αποπτωτικού γονιδίου BOK σε ανθρώπινες καρκινικές κυτταρικές σειρές ωοθηκών και προστάτη».
Τα κριτήρια αξιολόγησης της διπλωματικής εργασίας ήταν η επιστημονική αρτιότητα της διπλωματικής εργασίας, η ποιότητα και επιστημονικότητα συγγραφής, οργάνωσης και παρουσίασης της διπλωματικής εργασίας, ο αριθμός και η ποιότητα των επιστημονικών δημοσιεύσεων/παρουσιάσεων σε επιστημονικά συνέδρια που τυχόν έχουν προκύψει ως αποτέλεσμα της διπλωματικής εργασίας καθώς και η πρωτοτυπία και καινοτομία της διπλωματικής εργασίας.
Επιβλέπων καθηγητής της διπλωματικής εργασίας ήταν ο ΕΠΙΚΟΥΡΟΣ ΚΑΘΗΓΗΤΗΣ ΔΡ. ΧΡΗΣΤΟΣ ΚΟΝΤΟΣ του Τομέα Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας του Τμήματος Βιολογίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών.
Η επιστημονική αρτιότητα της συγκεκριμένης διπλωματικής εργασίας γίνεται αντιληπτή μέσα από την ορθή τοποθέτηση και τεκμηρίωση των στόχων σε σχέση με τη διεθνή βιβλιογραφία, εντοπίζοντας τα ερευνητικά κενά που υπάρχουν στο επιστημονικό πεδίο των κυκλικών RNA, ενισχύοντας έτσι το διεθνές επιστημονικό γνωστικό υπόβαθρο παρέχοντας νέα έγκυρα επιστημονικά δεδομένα για μελλοντικές έρευνες.Αυτά επιτυγχάνονται μέσα από την καλή οργάνωση και εκτέλεση της ολοκληρωμένης μεθοδολογικής προσέγγισης και της κριτικής αποτίμησης και ερμηνείας των αποτελεσμάτων.
Παράλληλα η πολύπλευρη ανάλυση των δεδομένων μέσα από την χρήση δημόσια διαθέσιμων εργαλείων καθώς και αλγορίθμων που δημιουργήθηκαν στο εργαστήριο (in-house built algorithms) βασισμένα σε διάφορες γλώσσες προγραμματισμού, οδήγησε στην εξαγωγή βάσιμων επιστημονικών συμπερασμάτων. Τέλος, η παρούσα διπλωματική εργασία δημιουργεί αιτιολογημένες προτάσεις για περαιτέρω μελέτη μελλοντικά. Η ποιότητα της επιστημονικής συγγραφής διαφαίνεται μέσα από την ορθή οργάνωση και επιστημονική ποιότητα και συνοχή του κειμένου, τη δημιουργία και παρουσίαση προσεγμένων πρωτότυπων διαγραμμάτων που περιγράφονται επακριβώς καθώς και τη δημιουργία σχημάτων, πινάκων που οδηγούν στη ολιστική κατανόηση της προσλαμβάνουσας γνώσης από τον αναγνώστη.
Επιπλέον, η επιστημονική αρτιότητα φαίνεται μέσα από την ορθή χρήση της γλώσσας και επιστημονικής ορολογίας καθώς και την ορθή παράθεση των βιβλιογραφικών αναφορών σύμφωνα με τους προβλεπόμενους κανονισμούς του ΕΚΠΑ. Η παρούσα διπλωματική εργασία βαθμολογήθηκε από το ΕΚΠΑ με 10/10 λόγω της επιστημονική ποιότητας και αρτιότητας της και τελικά οδήγησε σε μια σειρά από διεθνείς επιστημονικές δημοσιεύσεις ανακοινώσεις και αναρτήσεις.
Η παρούσα διπλωματική εργασία αποτελεί διεθνώς τη πρώτη απόπειρα ταυτοποίησης αποπτωτικών BOK circRNAs σε παθογένειες στους ανθρώπους και συγκεκριμένα σε καρκινικές σειρές αναπαραγωγικών καρκίνων ωοθηκών και προστάτη διαφορετικών μοριακών υποτύπων με απαράμιλλη ευαισθησία. Παράλληλα, η ανακάλυψη αυτών των νέων circRNA του γονιδίου BOK έχουν πιθανώς μεγάλη κλινική αξία ως βιοδείκτες καρκίνων του αναπαραγωγικού συστήματος ή/και για θεραπευτικούς στόχους.
Α. Πρωτότυπη Δημοσίευση σε Διεθνές Επιστημονικό Περιοδικό με κριτές
• Kontos, Christos K., Despina Hadjichambi, Maria Papatsirou, Paraskevi Karousi, Spyridon Christodoulou, Diamantis C. Sideris, and Andreas Scorilas. 2023. "Discovery and Comprehensive Characterization of Novel Circular RNAs of the Apoptosis-Related BOK Gene in Human Ovarian and Prostate Cancer Cells, Using Nanopore Sequencing", Non-Coding RNA 9, no. 5: 57. https://doi.org/10.3390/ncrna9050057
Β. Δημοσιεύσεις σε Πρακτικά Διεθνών Επιστημονικών Συνεδρίων με κριτές
• Despina Hadjichambi, Paraskevi Karousi, Pinelopi I. Artemaki, Andreas Scorilas, Christos K. Kontos. Discovery of novel circular RNAs (circRNAs) of the BOK gene in human prostate and ovarian cancer cell lines, using nanopore sequencing. Int Soc Enz (ISE) (2022).
Γ. Πρωτότυπες Καταχωρήσεις Αλληλουχιών στη Διεθνή Τράπεζα Γονιδίων (GenBank® ofNCBI)
• Despina Hadjichambi, Paraskevi Karousi, Pinelopi I. Artemaki, Andreas Scorilas, Christos K. Kontos.
BOK novel circRNAs 1-18, 20, 22. Accession # ON787895- ON787911, ON787912, ON787913 (2023).
Δ. Πρωτότυπες Καταχωρήσεις Αλληλουχιών στη Διεθνή Τράπεζα SRA (SRA database® of NCBI)
• Despina Hadjichambi, Paraskevi Karousi, Pinelopi I. Artemaki, Andreas Scorilas, Christos K. Kontos. BOK circRNAs in ovarian cancer cell lines, SRA submission SUB13515845. Citation accession # PRJNA982806, PRJNA982812 (Jun 12 '23).
Ε. ΔημοσίευσηΠτυχιακήςεργασίαςστην «Πέργαμο» - ενιαίαΠλατφόρμαΙδρυματικούΑποθετηρίου / ΨηφιακήςΒιβλιοθήκηςτουΕΚΠΑ.
• Χατζηχαμπή Δέσποινα, Ταυτοποίηση νέων κυκλικών μορίων RNA (circRNAs) του αποπτωτικού γονιδίου BOK σε ανθρώπινες καρκινικές κυτταρικές σειρές ωοθηκών και προστάτη, 2022.
Το Βραβείο ΒΕΚ Προπτυχιακών Φοιτητών Βιολογίας «Χρήστος Γεωργιάδης» συνοδεύεται από χρηματικό ποσό ύψους 300 ευρώ και σχετικό Τιμητικό Πιστοποιητικό. Η απονομή θα γίνει σε Ειδική Τελετή που θα πραγματοποιηθεί την Παρασκευή 14 Ιουνίου, στις 7μμ, στο Σιακόλειο Εκπαιδευτικό Κέντρο Κλινικής Ιατρικής, της Ιατρικής Σχολής, Αμφιθέατρο ΣΕΚΚΙ Β115, στο Πανεπιστήμιο Κύπρου.
Ακολουθεί περίληψη της διπλωματικής εργασίας στα ελληνικά:
Τα κυκλικά RNA (circRNAs) ενώ θεωρούνταν στο παρελθόν «θόρυβος ματίσματος» κατά τη μετα-μεταγραφική επεξεργασία, πλέον αποτελούν ένα νέο «hotspot» επιστημονικής έρευνας. Υποκινούμενη από το προφανές επιστημονικό κενό στο πεδίο των κυκλικών RNA, των γονιδίων που σχετίζονται με την απόπτωση όπως το γονίδιο BOK, η συγκεκριμένη έρευνα εστιάζει στον εντοπισμό νέων BOK circRNA σε ανθρώπινα καρκινικά κύτταρα ωοθηκών και προστάτη.
Έτσι, απομονώθηκε ολικό RNA από τέσσερις κυτταρικές σειρές καρκίνου ωοθηκών και από τρεις καρκινικές σειρές προστάτη, και μεταγράφηκε αντίστροφα χρησιμοποιώντας τυχαία εξαμερή ως εκκινητές. Ακολούθως, διεξήχθη μια σειρά πειραμάτων 1ου και 2ου κύκλου PCR, χρησιμοποιώντας ειδικούς αποκλίνοντες εκκινητές, ξεκινώντας από το ίδιο εξώνιο κάθε φορά, για την εύρεση κυκλικών μεταγράφων ως αποτέλεσμα της εναλλακτικής συρραφής. Ακολούθως, πραγματοποιήθηκε αλληλούχηση 3ης γενιάς βασισμένη σε τεχνολογία νανοπόρων. Τέλος, διεξήχθη εκτενής βιοπληροφορική ανάλυση, χρησιμοποιώντας δημόσια διαθέσιμα εργαλεία, καθώς και αλγόριθμους που αναπτύξαμε στο εργαστήριο. Από αυτή την έρευνα, εντοπίστηκαν 21 νέα BOK circRNA, με διαφορετικά προφίλ έκφρασης και πρότυπα εναλλακτικής συρραφής στις 7 κυτταρικές σειρές καρκίνου ωοθηκών και προστάτη που υποψυάζει για ένα διαφορετικό μηχανισμό βιογένεσης των συγκεκριμένων κυκλικών RNA. Επιπλέον, πέραν από την in vitro ανάλυση πραγματοποιήθηκε εκτενής in silico ανάλυση χρησιμοποιώντας τους πιο αξιόπιστους αλγόριθμους και βάσεις δεδομένων ώστε να εξιχνιαστούν οι λειτουργικοί ρόλοι αυτών των μορίων.
Είναι ενδιαφέρον ότι τα νέα BOK circRNA διαθέτουν περιοχές δέσμευσης για miRNAs που εμπλέκονται πολύπλευρα στην καρκινογένεση ιδιαίτερα στους αναπαραγωγικούς καρκίνους, ενώ η παρουσία ανοιχτών πλαισίων ανάγνωσης και θέσεων τροποποίησης Ν6-μέθυλ-αδενοσίνη (m6A) υποδηλώνουν το μεταφραστικό τους δυναμικό. Αυτά τα ευρήματα υποδηλώνουν ότι τα circRNAs θα πρέπει να συμπεριληφθούν στο «μοριακό background» του καρκίνου του προστάτη και των ωοθηκών. Η ανακάλυψη αυτών των νέων circRNA που προέρχονται από το γονίδιο BOK ανοίγει υποσχόμενους δρόμους για τη διερεύνηση της κλινικής τους αξίας ως βιοδείκτες καρκίνων του αναπαραγωγικού συστήματος ή/και θεραπευτικούς στόχους.
Τη βραβευμένη διπλωματική/πτυχιακή εργασία μπορείτε να την βρείτε στην ιστοσελίδα της Βιολογικής Εταιρείας Κύπρου https://www.cbs.cy
